Le SRA fait peau neuve ! – bulletin n°37
Loïc LEGRAND (1)
Le sous-réseau Syndrome Respiratoire Aigu (SRA) est le premier sous-réseau mis en place par le RESPE au début des années 2000. Longtemps considéré comme un outil de surveillance des foyers de grippe équine, il s’est peu à peu enrichi de nouvelles maladies respiratoires en incorporant les herpès virus équins 1 et 4 (HVE1 et 4), ainsi que le virus de l’artérite virale équine (AVE) consécutivement à la crise normande de 2007.
Ainsi, pendant de nombreuses années, ce sous-réseau a participé à la détection de nombreux foyers de grippe comme celui de Grosbois en 2009 (Legrand et al., 2013) ou La Baule en 2012 (Slater et al., 2014), la mise en évidence d’épizooties causées par l’HVE1 dans le Val d’Oise en 2011 ou, plus récemment, causées par l’EHV4 à Pau en 2014. En revanche, aucune circulation du virus de l’AVE n’a été décelée depuis plus de 8 ans.
Bien que cette surveillance soit reconnue comme essentielle pour la filière tant pour la rapidité des alertes que pour la gestion des crises sanitaires, deux critères majeurs ont amenés les membres du conseil scientifique à réfléchir sur la liste des pathogènes systématiquement recherchés lors des déclarations par les vétérinaires sentinelles. Le premier est l’absence de virus de l’AVE détecté depuis 8 ans ; le second est le faible taux de positivité obtenus avec les virus recherchés à l’heure actuelle (Tableau 1). Ainsi, sur les trois dernières années, près de 85% des écouvillons se sont avérés négatifs.
Tableau 1 : Evolution du nombre de déclarations dans le cadre du sous-réseau SRA et des virus détectés de 2013 à 2015
Suite à ces constats, il a été décidé de retirer du protocole « SRA » le virus de l’AVE, par ailleurs recherché dans le cadre de la surveillance faite par le sous-réseau avortement, et de mener une étude ayant pour but d’enrichir le panel à disposition des vétérinaires. Ainsi, plusieurs tests ont été réalisés sur les écouvillons nasopharyngés reçus de janvier 2013 à mars 2015 à LABÉO – Frank Duncombe dans le cadre du SRA. Un total de 472 prélèvements respiratoires a pu être analysé pour quatre nouveaux virus :
– Le rhinovirus équin A
– Le rhinovirus équin B
– L’adénovirus équin 1
– Le coronavirus équin
Même si ces virus sont très peu recherchés habituellement, ceux-ci sont connus depuis de nombreuses années (Wilks et al., 1972 ; Plummer et al., 1962 ; Steck et al., 1978 ; Guy et al., 2000) et sont tous à l’origine d’affections respiratoires pouvant être accompagnés, pour le coronavirus équin, de troubles digestifs.
Toutes ces recherches ont été effectuées par PCR en temps réel à l’aide de méthodes mises au point par le laboratoire. Les résultats obtenus sont les suivants :
– 3 rhinovirus équins A
– 56 rhinovirus équins B
– 18 adénovirus équins 1
– 1 coronavirus équin
Au cours de ces recherches, 5 co-détections entre rhinovirus B et adénovirus 1 ont été mises en évidence. Au moins un des quatre pathogènes recherchés a été trouvé dans 15,5% des prélèvements. Si on ajoute les virus préalablement trouvés à l’aide du protocole SRA encore en place, un diagnostic moléculaire a ainsi pu être établi pour un écouvillon sur trois.
Suite à cela, un nouveau protocole a été adopté depuis le 1er janvier 2016 en incluant les rhinovirus équins A et B, ainsi que l’adénovirus équin 1, mais en retirant le virus de l’AVE (Tableau 2).
Tableau 2 : Nouvelle formule du protocole SRA
Cette étude se poursuit avec la volonté de déterminer la saisonnalité des pathogènes, recueillir les données géographiques et voir si des signes cliniques sont plus imputables à un des pathogènes plutôt qu’à un autre. Malgré la découverte ancienne de ces virus, les informations épidémiologiques qui seront recueillies par l’intermédiaire du sous-réseau SRA permettront d’apporter de nouvelles connaissances sur ces agents encore trop sous-estimés.
Références bibliographiques
Legrand LJ, Pitel PH, Marcillaud-Pitel CJ, Cullinane AA, Couroucé AM, Fortier GD, Freymuth FL, Pronost SL. 2013. Surveillance of equine influenza viruses through the RESPE network in France from November 2005 to October 2010. Equine Vet J. 2013 Nov;45(6):776-83.
Slater J, Borchers K, Chambers T, Cullinane A, Duggan V, Elton D, Legrand L, Paillot R, Fortier G. 2014. Report of the International Equine Influenza Roundtable Expert Meeting at Le Touquet, Normandy, February 2013. Equine Vet J. 2014 Nov;46(6):645-50.
Wilks CR, Studdert MJ. Isolation of an equine adenovirus. 1972. Aust Vet J;48:580-581.
Plummer G. An equine respiratory virus with enterovirus properties. 1962. Nature;195:519-520.
Steck F, Hofer B, Schaeren B, Nicolet J, and Gerber, H. 1978. Equine rhinoviruses: new serotypes respiratory diseases. In: Bryans JT, Gerber H, editors Proceedings of the 4th International Conference for Equine Infectious Diseases. Karger, Basel, 1978:321-328.
Guy, J.S., Breslin, J.J., Breuhaus, B., Vivrette, S., Smith, L.G., 2000. Characterization of a coronavirus isolated from a diarrheic foal. J. Clin. Microbiol. 38 (12), 4523–4526.
(1) LABÉO Frank Duncombe, U2RM (Equipe E2), Université de Caen-Basse Normandie
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